Indigo kuuluu kyyppivärien ryhmään. Näille väreille on tyypillistä, ettei niiden ja langan välille muodostu kemiallista sidosta, vaan väri kiinnittyy langan pintaan pigmenttinä. Kun puuvillaa (esim. farkkukangasta) värjätään indigolla, apuaineena käytetään hydrosulfiittia (ditioniitti). Se tekee veteen liukenemattomasta sinisestä indigo-väristä vesiliukoista vaaleankeltaista leukoindigoa (indigo-valkoinen). Tätä ilmiötä kutsutaan kyyppaukseksi.